吕坤的先祖是元末菜农，因向明军报信而立功，得到朱元璋奖赏，并诏其回乡安居，然而朱元璋在手诏中误将"吕"姓写作"李"。至吕坤时，方上奏将"李"姓改回"吕"姓。嘉靖四十年(1561年)，吕坤中河南乡试第三，万历二年(1574年)殿试中三甲第50名，同赐进士出身，出任山西省襄垣知县，1576年-1577年任大同知县。1578年-1588年任山东省右参政，1589年-1592年任山西按察使、巡抚、陕西省右布政使、山西巡抚。1593年-1594年任都察院左、右佥都御史，1595年-1597年任刑部左、右侍郎。 1597年上《忧危疏》劝明神宗励精图治，随后称病退休。1618年病逝于家，之前将其未刊行的手稿焚烧。死后葬宁陵县。 1621年追赠为刑部尚书。
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